ويضم المجلس الأعلى لشؤون المعاقين لجنتين رئيسيتين هما اللجنة الطبية واللجنة التنفيذية بالإضافة للجان الأخرى وهي لجنة تعليم وتأهيل وتشغيل المعاقين، لجنة الإسكان والتأمينات الاجتماعية والمرافق العامة، لجنة التوعية والإعلام، اللجنة المالية، لجنة معاش الإعاقة، اللجنة القانونية ويمكن إيجاز أهم إنجازات اللجان المذكورة فيما يلي:
اللجنة الطبية:
وتختص بإبداء الرأي الطبي والفني في الطلبات المحولة إليها من المجلس الأعلى لشؤون المعاقين أو من الجهات المختصة الأخرى ذات الشأن التي تطلب تحديد درجة ونوع الإعاقة، وينبثق عن اللجنة الطبية ست لجان فرعية هي لجنة الجهاز الحركي، لجنة الطب التطوري، لجنة النطق والسمع، لجنة الإعاقة الذهنية والعصبية لجنة الأمراض الوراثية ولجنة العيون·
وتعمل اللجنة الطبية على إصدار شهادة إثبات الإعاقة للأشخاص المعاقين الكويتيين بعد تحويلهم للجنة المختصة وفقا لنوع الإعاقة والتي تمكنهم من الحصول على امتيازات معينة ومن الاستفادة من مواد قانون المعاقين والحصول أيضا على هوية المعاق بعد استصدار الشهادة لتقديمها للجهات الحكومية وغير الحكومية تسهيلا للخدمات التي توفرها هذه الجهات، كما يمنح المجلس الأعلى لشؤون المعاقين هوية معاق للمعاقين من الخليجيين أيضا·